Frantisek Pavelka´s videre skæbne i Protektoratet. Trods det at Frantisek Pavelka, var en fremragende soldat, var han nu anbragt i en særdeles vanskelig og anspændt situation. Han måtte være på konstant flugt og skifte opholdssteder flere gange. Det lykkedes Gestapo at arrestere Marie Rosenbachova den 21. oktober, hvor Pavelka havde søgt tilflugt, men han var inden da taget videre, så her var Pavelka ikke længere. Hun havde dog desværre et navn stående opført, nemlig Petr Soukup. På grund af denne oplysning blev Pavelka den 25. oktober 1941 arresteret hos Fru Paulícková i Kamenický gaden. Under det brutale forhør, var han meget modig. Han afslørede ikke noget, men blev dømt ud fra andre anonyme vidneudsagn. De navne Pavelka oplyste til Gestapo var falske fantasinavne. Takket være denne modige indsats blev ingen anholdt. Som et ubrugeligt vidne blev han kastet i fængsel og i 1942 den 5. august blev han overført til fængslet i Berlin Alt-Moabit, hvor den tyske "Folkets Domstol" den 19. august 1942 dømte ham til døden. Han måtte dog vente indtil 11. januar 1943, hvor han efter 20 timer og 18 minutter blev henrettet i Berlin fængslet Plötzensee. Han var da 22 år, 1 måned og 13 dage gammel. Hans grav er beliggende i Brno i Židenice, Balbínova gaden.